第七大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世，得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世，得菩提时，令诸有情，出魔网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业，得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
总的来看，药师佛的十二大愿包括了正报庄严、身光破暗、智慧资生、导入大乘、得戒清净、得身健美、安康乐道、转女成男、魔外归正、解脱忧苦、得妙饮食、得妙衣服等十二个方面的内容。《药师经》的大量篇幅、药师佛的根本大愿主要是与解脱众生的现世疾苦、获得现世利益联系在一起的。药师佛的十二大愿，全是从现实问题出发，而且主要是为贫困者着想。早期佛教（包括原始佛教与部派佛教）从对人生的体察，多属生老病死的自然过程和自然现象，追求的是个人烦恼生死的解脱，而较少关注社会问题，尤其是贫困问题。《药师经》以净土为号召，将佛教的关注点从社会上层转向下层民众和现实生活，为佛教的信仰开辟了更深厚的土壤。《药师经》对贫困生活的体察很细致，解决的方法也很实际。例如第十一大愿，对穷人因为饥寒交迫所逼迫不得已而犯罪，就给予了很大的同情。经中并没有给贫寒者定罪，而是首先解决他们的温饱问题，然后再为他们说法，令其弃恶从善。
《药师经》的另一大特点是对身心健康的重视与疗救众生疾苦的承诺。《药师经》的大量篇幅、药师佛的根本大愿主要是与解脱众生的现世疾苦、获得现世利益联系在一起的。从古至今，健康都是人类幸福生活最根本的保证。世界卫生组织对人的健康定义是“不但没有身体的缺陷和疾病，还要有完整的生理、心理状态和社会适应能力”，药师佛的大愿首先满足了人们治愈身心疾病的基本欲求。药师佛、日光月光两大菩萨、文殊师利、观世音、大势至、无尽意、宝坛华、药王、药上、弥勒等八大菩萨及十二护法神将仿佛组成了一支治病救人的医疗队伍，以无量广大的悲心与神通，为处于疾病困厄中的众生带来一线光明。当然，药师佛的大愿并非仅限于治疗疾病，而是涵盖了人类物质生活与精神生活的诸多方面，如饮食、衣服、住所、生育、教育、事业等等，而最重要的是，营造了一个和谐圆满的修学环境，渐渐引导人们解脱轮回，趣向菩提。从这一点来说，药师净土与西方净土的旨归别无二致。而对于世间未能忘怀名利的人，未能深厌男女情欲、美食、欲望的人，如果要他们去修习西方净土往生法门，则往往因为众生身修净土而却心恋世间，终未得到多大的受用。就不离欲而成佛智的角度来看，修习药师佛的法门来得更加简单有效。修行者只要凭着信心，精进不懈，久而久之，也定可以随愿成就。救人祛病、延年益寿、而且更能于一切成就处直趋菩提、永不退转，又何乐而不为呢？
三 《药师经》的影响
《药师经》及东方净土信仰是中国佛教净土思想的重要组成部分之一。佛教的净土信仰当中有两处特别殊胜的净土：一个是位于我们生活的娑婆世界以西的西方极乐净土；另一个在我们这个世界以东，药师佛的东方琉璃净土。西方净土的教主阿弥陀佛，在因地发四十八大愿，令众生来世往生极乐；而东方净土的药师如来，在因地发了十二大愿，更为重视人生的现世快乐。所以在佛教徒中自然形成这样一种观念：往生西方念阿弥陀佛，消灾延寿念药师如来。西方净土的弘扬，一向为教界所重视，相关典籍可谓汗牛充栋；而东方药师法门却鲜少有人提倡，这方面的著述更寥寥无几。这一现象也使得社会对佛教产生了诸多误会，认为信佛但求来世快乐而不重视现世的人生，甚至认为佛教乃逃避现实的宗教。近代佛教领袖太虚大师为改变人们这种错误认识，大力提倡人间佛教，并亲自讲解过《药师经》，认为可以依药师法门创建人间净土。太虚大师之所以特别重视对《药师经》的弘扬有三方面的理由：
一、近现代人类社会重视现生安乐。现代人类所重视的是现实的人生，要求现实生活得理想、安乐。佛法所说的乐，大抵有三种：一曰现法乐、二曰后世乐、三曰究竟解脱乐。世间众生有种种苦痛的煎迫，因此离苦得乐是众生内在的最根本的需求，而所有的安乐归纳起来，总不外乎现生乐、后世乐、或是究竟解脱乐。然而，众生的根性各异，生活于不同的时空里，其所企求的安乐境界也就有所不同。有的众生倾向后世乐，有的众生要求究竟解脱乐，而现代人类则特别重视现法乐。释迦牟尼开创佛教，是为了使众生同证究竟解脱乐，因此，从某种意义上来说，佛法的基本精神是出世的。但是，由于众生的要求不同，若仅说究竟解脱乐，便不能普应乐求不同的广大众生，因此释迦牟尼佛又开示了东方净土的药师法门，与西方净土的弥陀法门。一般以为药师佛是延生的，阿弥陀佛是度亡的，其实这是通俗的说法。若根据佛法的正义来说，东方药师琉璃光如来的净土法门，是适应一类众生希求的现生乐；西方阿弥陀佛的净土法门，则是适应另一类众生所希求的后世乐。但这二者，同以净土为方便，引导趣入大乘，得究竟解脱为终极。
二、东方净土与中国文化相契合。释迦牟尼佛所开示的东方净土与西方净土二大法门，是意味深长的。释迦牟尼佛出生于印度，从地理方位上看，印度以西的人，多倾向类似弥陀净土的思想，印度以东的人，又多类似药师净土的精神。这是说，从印度向西去，人民的宗教思想，无论伊斯兰教还是基督教，总是信仰一神，死后求生于天国，重于信仰及后世乐。从宗教学的角度来看，印度以西的国家，其宗教信仰方式，大多类似于佛教所宣扬的极乐净土，特别重视后世乐。印度以东的国家，如中国则不然。重视现世现生是中国传统文化的突出特点，对外来的佛教也产生了深刻的影响。如孔子说：“未知生，焉知死。”中国文化注重现生乐的特点与《药师经》济世救人的净土理念不谋而合，因此此经的思想最能契合中国人心。
三、药师法门与人间净土。所谓的人间净土，就其实质而言，就是要把出世的佛教改造为入世的佛教，把佛教的出世法与世间法更加紧密地结合起来。太虚大师说“今此人间虽非良好庄严，然可凭各人一片清净之心，去修集许多净善的因缘，逐步进行，久之久之，此浊恶之人间便可一变而为庄严之净土；不必于人间之外另求净土，故名为人间净土”（《建设人间净土论》）。他在讲述《药师经》时，着意强调药师佛东方净土“生”的意味，指出，过去偏重于荐魂度鬼的佛教，应该一变而为资养现实人生的佛教。此资生的佛教，即为释迦牟尼佛于《药师经》中所托付的药师法门。这对于过去专重度亡的佛教，有着补偏救弊的作用，因此应“依药师琉璃世界建立新中国及人间净土”。历史上对药师法门的提倡，大抵重在消灾延寿，却不知药师如来在过去生中，曾发菩提心，发广大愿，行大悲行，而后才成就无上佛果，成就清净光明的琉璃世界。如今修习药师法门，应该一面祈求药师如来恩德的加被，一面依佛因地所发的大愿，所行的悲行，躬行实践，以资自净化他，完成人间净土。能依此大愿去实行，不但个体小小灾难可以消除，就是整个国家社会甚至整个世界，也可转为庄严净土。
四 《药师经》与密教
